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河套學院醫學系前身為內蒙古自治區重點中專“巴彥淖爾盟衛生學校”，始建于1959年。2004年5月并入河套大學，2012年更名為河套學院醫學系。歷經60多載的歲月洗禮，遵循“為區域經濟社會發展培養德智體美勞全面發展的高素質應用型人才”的辦學定位，構建“3+1”人才培養模式和“實驗實訓室＋模擬醫院＋臨床醫院＋社區”四位一體的實踐教學模式。形成以護理學、康復治療學專業為基礎構建對接巴彥淖爾護理、康復與養老產業的醫學類專業集群，積極推進 “校企合作、產教融合”，為社會培養了大批優秀人才。

醫學系是全國高等醫學教育學會護理教育分會理事單位，是中華護理學會內蒙古自治區分會理事單位，是自治區養老服務專業人才培養基地，有三個國家級科普基地，同時也是巴彥淖爾市紅十字會應急教護培訓基地。

醫學系現開設的本科專業有護理學、康復治療學、助產學，專科專業有護理、助產、 康復治療技術及醫學影像技術。護理學專業評被評為自治區一流專業，校級特色專業；護理技術核心課程教學團隊被評為自治區級教學團隊，目前已建成自治區級在線開放課程1門，院級優質課程13門，院級在線課程5門，院級課程思政示范課程1門，院級本科示范課程1門，院級線下一流課程1門，院級精品課程7門。

醫學系現有專任教師59人，其中教授3人，副教授9人，博士12人（含在讀博士10人），碩士23人；雙師型教師16人；在校生2060人。

醫學系實驗實訓中心是自治區級實驗教學示范中心。現有教學科研儀器設備總值約1600萬元，有六個專業78間實驗實訓室。博士工作站“蜱媒人畜共患傳染病實驗室”是自治區重點實驗室。

教師承擔國家級項目2項、承擔自治區科技攻關項目、科技計劃項目、內蒙古自然科學基金項目、教育廳青年英才項目和地市級科技計劃項目等30余項；發表論文130余篇，其中SCI 16篇（含頂級期刊5篇），中文核心期刊15篇，獲專利31余項，編寫專著、教材100余部。

近年來，醫學系與區內外醫院建立了良好的協作關系，形成了“校院”合作的良好局面。目前共有校外實習教學基地72家，主要分布在北京、天津、張家口、銀川及內蒙古自治區各盟市，形成了以實習促就業，以就業促招生，以招生求發展的良好局面，培養的“河套牌護士”家喻戶曉。